以奈森五号为例，整个星系的教育基本分成四大部分——
第一，是由国教主导的宗教神学院体系，这也是帝国最为常见，也是极少数能够辐射到下巢的教育体系，国教的神学院是以教区为单位建立，一个教区的主教通常都会兼任本区神学院的院长，但由于繁重的宗教事务，他们通常都很难直接进行管理，因此诞生了教长这个职务，该职务通常有教区中的高级教士担任，也常常被视作攀登主教之位必须走过的一条路，而教长才是神学院的主要管理者。
由于有着国教雄厚财力的支持，以及强烈的传教欲望的驱动，因此虽然下巢有着混乱和贫穷，但神学院也会建立在下巢的教区之中，可以说是普通巢都人极少数能够得到教育的地方，而该机构的主要作用自然也是为国教培养忠诚的教士，为臃肿庞大的国教持续注入新鲜血液。
国教神学院通常分成两个部分，经教院和修女院，前者主要培养各类神职人员和传教士，男女都不限，而后者则只招收女性，主要就是培养文书修女，医疗修女等非战斗修女，两者的招收年龄基本一致，都是7-10岁的孩子。
国教的教育除了宗教外，也会教授高哥特语，历史，艺术，逻辑等课程，甚至对于传教士们还会额外教授一定的自然，天文，以及科学知识，并且神学院是不收取任何费用的，连衣食住行都完全由国教包办。
当然代价就是，一旦进入后，那么就终生都是国教的一部分了，而且必须忍受极为苛刻，死板甚至称得上虐待的学生生涯，神学院为了“磨砺信仰”常常会让学生不盖被子的睡在硬床板上，并且在接近零度的气温下只能使用冷水洗澡，至于鞭挞之类也是家常便饭，同时导师和嬷嬷们对于学生有着绝对的权威，寻常打骂都很难称得上是处置，甚至有人调侃神学院消耗最多的不是经卷条，而是鞭子。
神学院不只是教育机构，也是宗教场所，任何错误都可能招致非常严厉的惩罚。
可就是这样，它也依旧是许多人向往的地方，尤其是对于下巢的孩子来说，神学院基本上就是他们人生仅有的，唯一的，能够远离肮脏的工厂和足以榨干人生命的劳动的机会，至少，能吃得上饱饭，喝得上干净的饮用水，穿得上体面的教士袍就已经是他们最理想的人生状态。
可神学院的招收同样严格，任何新生都要得到所属街区一个教堂主祭的担保，这并不是一件容易的事，往往这样的机会早就被街区的管理者或者其他头头脑脑们给瓜分一空了，毕竟对于略有身份的家庭来说，能够送一个孩子进入神学院也是代表了一个很不错的机会。
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