晋封诸葛亮为武乡侯，任命李严升为光禄勋，封都乡侯；其他文臣武将如赵云、吴懿、魏延、王连、杨洪等，全都加官进爵。
刘禅登基后，丞相诸葛亮正式设立丞相府，以治理国家政事。蜀汉的政事不论大小，都由诸葛亮决定。
蜀国内忧外患，南中诸郡叛乱不断，先是益州郡豪强大族雍闿造反，把太守张裔抓起来流放到孙吴，然后占据本郡反叛；
与此同时，越嶲郡的蛮夷部族首领高定也起兵反叛；不久，牂太守朱褒占据本郡叛变；而且夷陵之战后，蜀汉与孙吴的同盟关系也濒临破裂。
时逢国家大丧，不宜用兵，诸葛亮并未立即讨伐南中诸郡叛乱；
而是派遣尚书邓芝出使孙吴，恢复盟约，吴主孙权也派来使臣，吴蜀关系重修旧好。
同时，刘禅下令关闭边关，加强境内农业生产，休养生息，为接下来的南征做准备。
建兴三年（公元225年）三月，诸葛亮率大军南征，平定境内越嶲、建宁、永昌、牂牁四郡的叛乱。
叛乱平定后，改置益州郡为建宁郡，分出建宁、永昌二郡的一部分土地设置云南郡，又分出建宁、牂牁二郡的一部分土地设置兴古郡。同年十二月，诸葛亮率军返回到成都。
建兴五年（公元227年）春天，诸葛亮率军北上驻扎在汉中，为北伐做准备。
临行前，诸葛亮上《出师表》请求北伐曹魏，刘禅下诏嘉许。
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