“黑船事件”爆发后，为了更好地了解夷狄，当时恰好在江户附近游学的吉田松阴带上自己的弟子金子重辅，二人划着小舟，趁着夜色偷偷登上美利坚的黑船，想与舰队一起去美国。
根据是时尚未废除的“锁国令”，幕府严禁国民出国，否则就要被判处死刑。
因此，吉田松阴不顾个人安危的勇气虽让美国舰队司令佩里非常钦佩，却也使他感到相当为难。美国刚刚与日本签订条约，要想帮助吉田松阴他们就不得不再去谈判。
最终，吉田松阴和弟子被送回了岸上。
在因登黑船而未果后，吉田松阴被发放回乡，先是被监禁于狱中，随后于安政二年（1855）因遭特赦而改以幽闭之刑。
期间，他借用叔父玉木文之进和舅舅久保五郎左卫门的松下村塾，一边读书一边讲课。
除了读书之外，吉田松阴还会为弟子安排武术、游泳等体能训练，以及讲授兵学和演习阵法，以备将来实战之用。
值得一提的是，吉田松阴起初所遵奉的尊攘思想和目前普遍流行的尊攘思想，内涵并不相同。
吉田松阴的理论基调，在于天皇是天照大神的后裔，万世一系，从不改变，现在天皇委任幕府统辖诸侯，统辖日本。作为天皇的臣民，我们不应推翻同为天皇臣民的幕府；作为藩镇，我们应该尽力劝说幕府改正错误。
另一方面，幕府只要敬奉天皇，自然得到天皇的效忠；而诸侯敬奉幕府，自然得到家臣的效忠。换言之，尊王不等于倒幕，它反而是巩固社会伦理秩序的一套理论。
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