过去朝廷为避免州郡之间结党营私，制定了“三互法”，即存在婚姻关系的家族和幽、冀两州的人士不可以交互做官。
随着禁忌日趋严密，人才选拔也变得困难，以至幽、冀两州的刺史职位长期空缺。蔡邕见到这种情形，上疏朝廷，希望能废除这项禁令，但是没有被采纳。
熹平六年（公元177年）七月，汉灵帝刘宏颁发罪己诏，召蔡邕、光禄大夫杨赐、谏议大夫马日磾、议郎张华等人至金商门就朝廷的施政得失上奏谏言，起因是这年民间，内有自然灾害频发，外有鲜卑袭扰，灾祸连连，老百姓们人心惶惶，汉灵帝也焦灼不安，想要找出祸患的源头。
比起朝中只求明哲保身的公卿大臣们，蔡邕的切言直对引起了汉灵帝的重视，特诏他进一步言事。
汉灵帝赞扬蔡邕“博学深奥，退食在公”，蔡邕受到感召，随即上书陈述自己的看法。
蔡邕指出灾害频现的异象是上天对汉灵帝的警示，想要化解，汉灵帝就不能轻信妇人和佞臣的谗言。
在奏折中，他弹劾了太尉张颢、光禄勋玮璋、长水校尉赵玹、屯骑校尉盖升等人贪赃枉法，同时又举荐了廷尉郭禧、光禄大夫桥玄、前任太尉刘宠等善于谋划之人，认为汉灵帝可以向他们咨议朝政。
汉灵帝看了蔡邕的奏章后感慨不已，起身如厕；中常侍曹节趁此机会偷看了奏章，并将内容透露给其他官员；那些被蔡邕弹劾的官员得知后，全都对他侧目而视，伺机报复。
中常侍程璜很快差人写了匿名信诬告蔡邕。程璜知道蔡邕与司徒刘郃不睦已久，就声称蔡邕是因有私事请托刘邰不成，公报私仇，故意中伤刘邰。
蔡邕很快以假公抱怨，诬害大臣的大不赦之罪被捕下狱，并被判处死刑。
中常侍吕强怜悯蔡邕无罪，上书为其求情。汉灵帝爱惜蔡邕之才，于是也降诏免其死罪，但是蔡邕和他的家人也就此被流放到了北方。
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